Mười năm đã trôi qua kể từ lúc sự kiện Bakumatsu kết thúc, thời đại chiến tranh chứng kiến cuộc nổi dậy của người dân chống lại Mạc phủ Tokugawa. Các nhà cách mạng muốn tạo ra một thời kỳ hòa bình và một đất nước thịnh vượng không bị áp bức. Thời đại Minh Trị đã đến, nhưng hòa bình vẫn chưa đạt được. Kiếm đã bị cấm nhưng người ta vẫn thường xuyên bị sát hại trên đường phố. Những đứa trẻ có cha mẹ là các chiến binh tử trận thì không có nơi nào để về, trong khi bộ máy nhà nước lại rất tham nhũng.
Một samurai lang thang có tên Kenshin Himura vẫn cố gắng từng ngày để đảm bảo những giá trị mà bản thân chiến đấu xứng đáng trong kỷ nguyên mới. Từng được biết đến với cái tên Hitokiri Battousai, người được xem là tàn nhẫn nhất trong tất cả các nhà cách mạng thì giờ đây lại bị ám ảnh bởi cảm giác tội lỗi. Kenshin đã thề sẽ không bao giờ giết người để chuộc lỗi với những sinh mạng mà anh đã lấy đi. Hòa bình sẽ không tồn tại xung quanh anh cho đến khi việc anh giết người trở thành dĩ vãng.
Hiện giờ là năm Minh Trị thứ 11, Kenshin tình cờ gặp được Kaoru Kamiya, chủ sở hữu và là người hướng dẫn chính của một võ đường đang bị đe dọa đóng cửa. Lực lượng cảnh sát trong khi đó lại bất lực ngăn cản hàng loạt vụ giết người được thực hiện dưới danh nghĩa võ đường của cô bởi một gã đàn ông tự xưng Battousai. Hành trình lang thang của Kenshin tạm dừng khi anh đồng ý cùng Kaoru làm sạch thanh danh của hai người. Nhưng liệu anh có thể làm được điều này bao lâu trước khi quá khứ đấy lại quay trở lại?
